Jean-Marc Rochette, originaire de Grenoble, suit pendant un an des cours en histoire de l'art puis s'inscrit en arts plastiques à Aix en Provence.
Il se destine d'abord au métier de guide de haute montagne. En 1976, après un grave accident dû à une chute de pierres, il délaisse l'alpinisme et commence une carrière d'auteur de bande dessinée. Il racontera plus tard cette période de sa vie dans Ailefroide, altitude 3954 (2018).
Il publie d'abord dans Actuel et ensuite dans l’Écho des savanes. Il réalise un court-métrage d'animation, La Chasse, en 1975, qui lui vaut le prix des Ciné-clubs de France2. Avec Martin Veyron, il crée la série Edmond le cochon (1979) et il crée le personnage de Claudius Vigne, qui paraît dans la revue (A suivre), où il publie ensuite d'autres récits.
Rochette succède au dessinateur Alexis pour la série Le Transperceneige, scénarisée par Jacques Lob, dans (À suivre) en 1982-1983. Le premier volume reçoit en 1985 le prix Témoignage chrétien. Bien que la série connaisse un succès critique, sa diffusion demeure presque confidentielle.
En 1986 paraît l'album A tes souhaits, sur un scénario de Tito Topin. Avec Benjamin Legrand, il dessine Requiem blanc en 1987. En parallèle, il illustre l'histoire jeunesse Nemo et le capitaine vengeur sur un texte de Jean-Pierre Hugot en 1987.
Au milieu des années 1990, il s'intéresse à la littérature jeunesse sur des textes de Jean-Luc Cornette et à l'illustration de classiques, Le Petit Poucet, Le Chat Botté, Pinocchio...
Tout en dessinant pour les journaux Le Sport et L'Équipe entre 1987 et 1994 il rencontre un accueil mitigé pour ses albums de bande dessinée.
Il se remet à la science-fiction à la fin des années 1990 en reprenant Le Transperceneige et il crée Le Tribut avec Benjamin Legrand. En 2000, il crée Napoléon et Bonaparte, qui obtient l'année suivante l'Alph-Art humour au festival d'Angoulême. En 2003, avec René Pétillon, il donne naissance à la série burlesque Louis et Dico et, en 2005 avec Martin Veyron, à la parodie historique Cour Royale. Il poursuit un travail de peintre et d'illustrateur sur le Candide de Voltaire en 2002 et sur l’Odyssée d'Homère en 2006. En 2009 paraît Himalaya Vaudou, chez Drugstore, avec Fred Bernard.
De 2009 à 2016, il vit à Berlin, où il apprend l'allemand et s'adonne « à la peinture de paysages abstraits ». Il a plusieurs expositions en France et en Allemagne. En 2013 sort le film adapté de son album Transperceneige par le réalisateur coréen Bong Joon-ho qui en avait lu en 2004 une version pirate. Le film garde le même titre. En 2015 avec Terminus, il relance Le Transperceneige en collaboration avec Olivier Bocquet.
Jean-Marc Rochette revient en France, pour exercer dans un atelier parisien et s'installer dans la vallée du Vénéon.
Il publie en 2018, toujours avec Olivier Bocquet, Ailefroide: altitude 3954, bande dessinée autobiographique exprimant sa passion de jeunesse pour l'alpinisme. L'ouvrage remporte le prix Ouest-France - Quai des bulles 2018. Il marque un tournant dans sa carrière, en raison de son important succès critique et public (60 000 exemplaires vendus en date de mai 2019) et parce que Rochette, qui souffrait de dyslexie dans sa jeunesse, n'osait pas écrire lui-même ses scénarios; en parallèle, l'artiste reprend l'alpinisme.
Après cette expérience « libératrice », en mai 2019, paraissent coup sur coup Le Loup ainsi qu'un prequel au Transperceneige : Extinctions, co-scénarisé avec Matz. La même année 2019, les éditions Daniel Maghen publient Vertiges, un livre d'illustrations et d'interviews avec la journaliste Rebecca Manzoni.
En 2020, les éditions Paulsen publient Manifeste pour peindre le bleu du ciel, un livre d'entretiens avec l'écrivain Fabrice Gabriel, où il développe son approche de la peinture de paysage. La première saison de la série Snowpiercer tirée du Transperceneige est diffusée en juin 2020 aux États-Unis sur la chaine TNT, et sur Netflix pour le reste du monde.
En 2020, toujours installé dans la « vallée du Vénéon, au sein du massif des Écrins », Jean-Marc Rochette, qui défend et applique « une écologie de décroissance », s'inspire dans ses derniers ouvrages des animaux, de la nature vierge et de la montagne. En novembre 2020, l'artiste annonce préparer un album sur « l’histoire du dernier ours abattu dans le Vercors » et qui s'intitulerait La Dernière Reine.
Le livre sort en octobre 2022, le titre La Dernière Reine « désigne la dernière ourse abattue d’un coup de fusil dans le Vercors en 1898 », et « raconte l’acharnement des hommes à faire disparaître cet animal depuis des siècles et des siècles ».