Daniel Pecqueur est né à Rouen en 1948. Après avoir suivi des cours d'art dramatique, il se consacre à son autre passion : la course automobile, et participe, entre autres, aux compétitions de Formule 3. Sa rencontre avec l'éditeur Dargaud, auquel il demande l'autorisation d'utiliser l'image de Michel Vaillant, l'oriente vers sa nouvelle vie : l'écriture de scénarios pour la bande dessinée.
Il effectue ses débuts en 1981 avec la série d'heroic fantasy Cargal, dessinée par Gilles Formosa. En 1987, dans Charlie Mensuel, il imagine le personnage de Thomas Noland, dont les aventures sont mises en images par Franz. Il s'associe ensuite à Jean-Pierre Gibrat pour donner naissance à Marée basse, un récit publié dans la collection « Long Courrier » de Dargaud.
Ses albums suivants seront édités chez Delcourt, à commencer, en 1999, par la saga de science-fiction Golden City, dessinée par Nicolas Malfin. La même année, il se lance dans Tao Bang, un diptyque coécrit avec Olivier Vatine et dessiné par Fred Blanchard et Didier Cassegrain. En 2003, dans Golden Cup, il aborde un thème qu'il connaît bien : la course automobile. Avec Alain Henriet au dessin, il met en scène l'univers de Golden City maisau moment de l'enfance de son héros, Harrison Banks. Puis il retrouve Olivier Vatine, coscénariste et dessinateur de l'album Angela, publié en 2003. En 2007, Daniel Pecqueur renoue avec les séries au long cours à travers les sept volumes d'Arctica, une épopée fantastique illustrée par le Serbe Bojan Kova?evi?. En 2011, en association avec un autre dessinateur serbe, Vukašin Gaji?, il publie Yiya.
En 2018, il signe le douzième tome de XIII Mystery, avec Philippe Buchet au dessin.
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